Letrán San Juan Kolegioa "Colegio para mestizos" deituz hasi zen eta 1548an sortu zen, Espainia Berrian hezkuntza eskatzen zuten mestizoen kopurua handitzen ikusi zuten espainiar penintsularren ekimenez.
Letrán San Juan Kolegioa bere buruari "Colegio para mestizos" deitzen hasi zen eta 1548an sortu zen, Espainia penintsularraren ekimenez, hezkuntza berria eskatzen zuten Espainia Berrian jaiotako mestizoen kopurua handitzen joan zela.
Erakunde hau fundatzeko, Antonio de Mendozako erregeordeari ez zioten baimenik eskatu, baizik eta ordezkari bat bidali zuten Espainiara erregearen baimena lortzeko, eta Don Gregorio de la Pesquera izendatu zuten aipatu misiorako. Arduradun honek 1548ko abuztuaren 18an emandako baimenaren Errege Agiria lortu zuen. Bere hastapenetan, Elkargoak 600 mila pesoko partida lortu zuen meatzaritzatik, ekarpen pribatuetatik eta limosnetatik.
Hiru apaizek zuzentzen zuten: erretore bat eta bi kontseilari, erretoreak urtebete iraun zezakeen bere karguan eta gero beste biek errektoretza okupa zezaketen. Irakurtzen irakasten zen, kristau doktrina irakasten zen eta orduan ikasle aurreratuenak unibertsitatera joatera animatu ziren.
Eskolak XVIII. Mendearen amaieran gainbehera egin zuen, Independentziara arte iraun zuen eta 1821ean bultzada handia izan zuen baina azkenean 1857an desagertu zen. kale osoa hartzen zuen San Frantzisko komentuaren aurrean ekialdera ematen zuen.
