Zapopan udalerrian Guadalajara hiritik gertu dagoen Ixtépeteko aztarna arkeologikoek eta Atemajac bailaran hogei ardatz baino gehiago aurkitu dituzten azken aurkikuntzek garai klasikoan (200 BC-650 AD)
Konkistaren aurretik gutxira, Haranean koka eta Tecuexes taldeak bizi ziren gehienetan, Tonallan nagusitasunaren mendeko herri txikietan bilduta, 1530ean Nuño Beltran de Guzmanek erresistentzia handirik gabe aurkeztu zituena.
Hurrengo urte amaieran, Guzmánek iparralderantz egin zuen konkista, Juan de Oñate agindu zion Santiago ibaiaren sakana zeharkatzeko eta ahal den neurrian baina zuhurtziaz, espainiar populazioa aurkitu zuen bere burua agerian utzi gabe. Horrela, 1532ko urtarrilaren 5ean, Nochistlan inguruan, gaur egungo Zacatecas-en, Guadalajara sortu zen.
Kolonoen kontrako baldintzek eragin zuten hiri hau Tonalára eramatea, baina han egonaldiak iraupen laburra izan zuen eta handik gutxira hispaniarrek Tlacotan inguruan kokatu ziren, eta han egon ziren 1541. urtera arte. arrisku larrian jarri zuen Espainiako agintea, Guadalajarako inguruetara iritsi zen. Antonio de Mendoza erregeordeak zuzentzen zuen armada boteretsuak "su eta odolez" jarritako matxinadarekin hiria bakea lortu zuen baina lan indigenarik gabe gelditu zen, beraz, horren bila, populazioa mugitzea erabaki zuten, Valle de Atemajac, azken fundazio behin betikoa 1542ko otsailaren 14an egin zen. Gerora, berretsi zen, ia hiru urte lehenago, erregeak hiriaren maila eta pribilegioak eman zizkiola.
1546an Paulo III.a Aita Santuak Nueva Galiziako Apezpikutza sortu zuen eta 1548an izen bereko Audientzia sortu zen; Bi jurisdikzioen egoitza, hasieran Compostelan, Tepic zen, 1560an Guadalajara aldatzeko agindua eman zen arte. Horrela, orduan, Guadalajarako Audiencia deitzen zen lurralde zabalaren buru judiziala bihurtu zen, Nueva Galiziako Erresumako hiriburua eta egoitza. Apezpikutzaren. Espainiako hiri guztiak San Fernando plaza zenetik xake taula bezala ateratzen zirenez eta ohitura zen bezala, Mexicaltzingo, Analco eta Mezquitán auzo indigenak planetik kanpo geratu ziren. Frantziskotarrek hasi zuten ebanjelizazio prozesua, eta ondoren agustindarrek eta jesuitek.
Pixkanaka-pixkanaka, zailtasunekin eta atzerapenekin baina baita arrakastekin ere, Guadalajara hazten joan zen eta botere zentro eta ekonomiko gisa finkatu zen, hainbeste non, XVIII. Mendearen erdialdean, Guadalajarako aberatsen kopuru handi batek Nueva Galiziarekin nahi zuen Nueva Vizcaya-rekin erregeordetza erabat atzerritarra integratzea. Espainia Berrira, 1786ko erreforma politiko-administratiboak horizontean zeudelako lortu ez zen helburua, lurralde egitura aldatu zuten, erregeordetza osoa 12 udalerritan banatuz, horietako bat Guadalajara zen.
Kolonian zehar, batez ere XVIII. Mendean, hazkunde ekonomikoak ondare arkitektoniko, kultural eta artistikoa utzi zuen, eta horren lekukotasunak oraindik ere hiri osoan daude.
Espainia Berriko lurralde osoan zehar ibilitako aire independentistak Jaliscon barneratu ziren, beraz, Independentzia Gerra hasi zen udalerriko hainbat tokitan matxinadak izan ziren.
1810eko azaroaren 26an, Don Miguel Hidalgo, armada handi bat zuzentzen zuenean, Guadalajaran sartu zen eta hiria hartu zuen José Antonio Torresek hartu zuen. Hidalgok esklabutza, zigilatutako papera eta alkabalak deuseztatzeko dekretua eman zuen eta El Despertador Americano matxinatu egunkariaren inprimaketa babestu zuen.
1811ko urtarrilaren 17an, matxinatuak Calderón zubian garaituak izan ziren eta Callejako tropa erregeek Guadalajara berreskuratu zuten, José de la Cruz agindua hartuz, Cabañas apezpikuarekin matxinada agerraldi oro suntsitu baitzuen.
1821ean independentzia aldarrikatu zenean, Jalisco estatu aske eta burujabea sortu zen, Guadalajara estatuko hiriburu eta botereen egoitza gisa utziz.
Herrialdean ia XIX. Mende osoan zehar egon zen ezegonkortasunak, atzerriko inbasioek areagotu zutenak, zaildu egin zuen, baina ez zuen eragotzi estatuak eta bereziki bere hiriburuak hainbat ordutan garatzen jarraitzea. Adibide ukigarriak dira: mendearen bigarren laurdenean, Estatuko Zientzien Institutua sortzea; Arte eta Ofizioen Eskola, Lorategi Botanikoa, Espetxea eta Belengo Panteoia eraikitzea, baita lehen lantegiak irekitzea ere.
Laurogeiko hamarkadaren hasieran, animalien trakzioko hiri tranbiak agertu ziren, argi elektrikoa 1884an instalatu zen, 1888an Mexikoko lehen trenbidea iritsi zen eta Manzanillorena 1909an. Laurogeita hamarreko hamarkadan Don Mariano Bárcenak Astronomia Behatokia sortu zuen eta Industria Museoa.
Iraultzan, Guadalajaran Diaz diktaduraren aurkako matxinada ekintza batzuk gertatu ziren, hala nola langileen grebak eta ikasleen protestak, eta Maderori 1909 eta 1910ean ere harrera ona egin zitzaion. Hala ere, ez zen ondorengo gertaera beligeranterik gertatu. Bestalde, Guadalajarako hiriburuak nolabaiteko geldialdia jasan zuen 1930ean Cristeros gerrak hautsitako bakea adostu ondoren, amaitu ez den modernizazio nahia hasita.
Ikus Hiri kolonialak ere: Guadalajara, Jalisco
