Don Nuño Beltrán de Guzmán konkistatzaile espainiarrak herrialdeko mendebaldeko lurretara etengabe egin zituen erasoaldiek, lurralde hauen gaineko agintea eta boterea handitzeko, Galizia Berriko Erresuma izeneko probintzia berria ezarri zuten.
Eskualdean hainbat talde indigena bizi ziren, eta espainiarrek bertan sortutako asentamenduak etengabe suntsitu zituzten. Nuño de Guzmaneko tenienteak, Juan B. de Oñate kapitainak probintzia horiek baketzeko eta Guadalajarako Villa Nochistlán izeneko tokian fundatzeko aginduak jaso zituen, 1532ko urtarrilaren 5ean gauzatu zena. Hirian jasandako indigenen maiz erasoak ikusita urtebete geroago Tonalá-ra joan behar izan zuen eta geroago Tlacotlanera. Hirugarren transferentzia bat egin zen herria Atemajac ibarrean kokatzeko, hiria behin betiko sortu zen 1542ko otsailaren 14an Cristóbal de Oñate Galizia Berriko eta Don Antonio de Mendozako gobernadore gisa. orduan, Espainiako Berriko erregeorde, Miguel de Ibarra alkate eta gobernadore teniente izendatu zuen.
Hiria azkar garatu zen eta garai hartan botere erlijioso eta zibilen egoitza zen Konpostelakoarekin (gaur egun Tepic) lehiatzen hasi zen, horrela Guadalajarako biztanleek halako presioa egin zuten Audientziako agintariei, erregeak Felipe II.ak 1560ko maiatzaren 10eko Ziurtagiria ematea erabaki zuen, Compostelatik Guadalajarara, Katedralera, Errege Auzitegira eta Ogasuneko funtzionarioetara joateko.
Hiri egitura beste hiri kolonial batzuen arabera planifikatu zen, beraz, haren diseinua San Fernando plaza zenetik xake taula moduan garatu zen. Gero Mexicaltzingo eta Analco auzoak Fray Antonio de Segoviak sortu zituen, eta Mezquitán auzoa, zaharrenetako bat. Udaletxeko etxeak ere altxatu ziren, gaur egungo San Agustin tenpluaren eta Justizia Jauregia dagoen lehen parroki elizaren parean.
Gaur egun, hiri bikainak, eraikin kolonial ugarietan, adibide arkitektoniko garrantzitsu ugari erakusten ditu, hala nola, bere katedrala, ezinbesteko gunea, Martín Casillas arkitektoak 1561 eta 1618 artean eraikia. Bere estiloa hasierako barroko gisa sailkatu da. Bere egitura sendoa gaur egun Guadalajara plazaren aurrean altxatzen da, dorre bitxiekin. Eraikinaren jatorrizko estilokoak ez diren arren, gaur egun Guadalajarako hiriburuko sinbolo gisa aitortzen dira. Dorre primitiboak lurrikara batek suntsitu zituen XIX. Mendean, eta horregatik gehitu ziren gaur egun dituenak. Tenpluaren barrualdea estilo erdi gotikoa da, parpailaz egindako gangak barne.
Mendeko beste erlijio-barruti bat San Frantzisko komentua da, 1542an ibaiaren ondoan sortua, Analco auzoan, eta Erreforman ia erabat suntsitua. XVII. Mendearen amaieran berritutako tenplua kontserbatzen da lerro salomoniko apaleko fatxada barrokoa duena. San Agustin komentua, 1573an sortu zen Felipe II.aren Errege Ordenantzaren bidez. Gaur egun, tenplua gordetzen du lerro herreriar larrien fatxadarekin eta barrualdea gurutzeriako gangekin.
Santa Maria de Gracia, beste fundazio komentualetako bat, Pueblako moja dominikarrek okupatu zuten, 1590ean San Agustin plazaren aurrean eraiki zuten eta Hernán Gómez de la Peñak ordaindu zuen. Eraikuntzak sei bloke okupatu zituen, gaur egun bere tenpluak soilik jarraitzen duen arren, XVIII. Mendearen bigarren erdialdeko fatxada neoklasikoa du.
